Theo cách gọi của người Khmer, Sài Gòn vốn có tên là ព្រៃនគរ / Prey Nôkôr /, thành phố trong rừng.
- ព្រៃ ( n ) [prey] : rừng rậm, hoang dã
- នគរ ( n ) [nɔkɔɔ]; vương quốc, thành phố, đô thị
Nhiều giả thuyết khác về tên gọi Sài Gòn như:
Củi và bông Gòn
Theo Trương Vĩnh Ký thì Sài (柴 chái) là mượn tiếng viết theo chữ Hán có nghĩa là củi gỗ, Gòn (棍 gùn – âm Hán Việt là Côn, chữ Nôm mượn để ghi chữ Gòn) là tiếng miền Nam chỉ cây bông gòn (cây gạo ở miền Bắc).
Đề Ngạn
Theo Aubaret, Francis Garnier, Vương Hồng Sển, Thái Văn thì khoảng năm 1782, người Hoa đắp đê cao ở Chợ Lớn nên họ gọi chỗ đê cao là Đề Ngạn (堤岸), phát âm theo giọng Quảng Đông là “Thầy Ngồn”, “Thì Ngòn”, “Tai-Ngon”, “Tin-Gan” rồi từ đó sinh ra tên Sài Gòn.
Nhưng trước đó, năm 1776, trong Phủ Biên Tạp Lục của Lê Quý Đôn đã nhắc đến Lũy Sài Gòn rồi nên thuyết này chưa thuyết phục.
Tây Cống
Trong phần nói về Đề Ngạn (堤岸), Vương Hồng Sển cho rằng người Hoa gọi xóm người Việt ở chợ Bến Thành là Tây Cống 西貢 (Xīgòng), xóm người Hoa ở Chợ Lớn là Đề Ngạn (堤岸).
Hiện nay người Hoa vẫn gọi Sài Gòn bằng chữ 西貢 (Xīgòng). Phát âm theo tiếng Quảng Đông là Sāigung, Triều Châu là Sai-kòng. Tại Hongkong hiện nay cũng có một quận tên là Tây Cống.
Theo Trương Thái Du, Tây Cống là con sông phía Tây; phân biệt với con sông phía Đông là Đồng Nai.
Như vậy phải chăng Tây Cống mang nghĩa dòng sông phía tây và Mân âm Lôi Châu (pha trộn giữa tiếng Quảng Đông và Triều Châu) của nó chính là Sài Gòn? Khi đọc lên, âm Sài Gòn sẽ có hai nghĩa, tùy ngữ cảnh: Cảng phía Tây hoặc Dòng sông phía Tây.
Nếu đi theo hướng suy luận này, chúng ta sẽ kết nối được Đồng Nai với Đông Nai. Tức là âm Đồng có khả năng là Mân âm Lôi Châu chỉ hướng Đông, hoàn toàn khớp với tương quan vị trí địa lý của nó với Đông Phố (Bến nước phía đông) và Tây Cống (dòng sông hoặc bến cảng phía Tây) trên thực địa. Đến đây thì Nai đã hiện ra dấu hiệu âm bản ngữ bị rút gọn, đơn âm hóa của Krong Binai (sông Cái) trong tiếng Champa!
Trĩ Côn 雉棍
Sách Chân Lạp phong thổ ký (1297) của Chu Đạt Quan có phần nói về các thuộc quận của Chân Lạp, có liệt kê một quận tên Trĩ Côn (tiếng Trung: 雉棍; bính âm: zhìgùn). Có thể đây là cách phiên âm của Sài Gòn.
Về thuộc quận (các đơn vị hành chính):[3]
Có hơn chín chục quận: Chân Bồ (真蒲), Tra Nam (查南), Ba Giàng (巴澗), Mạc Lương (莫良), Bát Tiết ( 八薛), Bồ-Mãi (蒲買), Trĩ Côn (雉棍), Mộc Tân Ba (木津波), Lại Cảm Khanh (賴敢坑), Bát Tê Lý (八廝里)…
Học giả Hứa Triệu Lâm (許肇琳) cho rằng quận Trĩ Côn (雉棍) chính là một cách ghi âm khác của Sài Gòn (西貢 Tây Cống) bên cạnh các chữ Sài Côn (柴棍 – theo kiểu Việt Nam), Đề Ngạn (堤岸 – theo kiểu Quảng Đông), Trạch Côn (宅棍 – theo kiểu Triều Châu, Phúc Kiến).[5]